يكون للمركز مدير عام، يُعين ويعفى من منصبه بقرار من المجلس، ويحدد القرار أجره ومزاياه المالية الأخرى، ويعد المسؤول التنفيذي عن إدارة المركز، وتتركز مسؤولياته في حدود ما ينص عليه التنظيم، وما يقرره المجلس، وله بوجه خاص تولي الاختصاصات الآتية:
1.الإشراف على إعداد هيكل المركز التنظيمي، ورفعه إلى المجلس؛ للنظر في إقراره.
2.الإشراف على إعداد اللوائح المالية والإدارية للمركز، ورفعها إلى المجلس؛ للنظر في إقرارها.
3.الإشراف على إعداد السياسات العامة للمركز وخططه وبرامجه, ومتابعة تنفيذها بعد إقرار المجلس لها.
4.الإشراف على إعداد مشروع الميزانية والحساب الختامي والتقرير السنوي للمركز, ورفعها إلى المجلس.
5.الإشراف على سير العمل في المركز, ومتابعة تنفيذ ما يعتمده المجلس في المجال الإداري والمالي والفني للمركز.
6.تعيين العاملين في المركز والإشراف على منسوبيه, وفقاً للأنظمة واللوائح المعمول بها.
7.الصرف من ميزانية المركز, واتخاذ جميع الإجراءات المالية، وفقاً للأنظمة واللوائح المعمول بها, وفي حدود الصلاحيات التي يفوضه بها المجلس.
8.تمثيل المركز أمام القضاء, ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الأخرى ذات العلاقة, وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها.
9.التعاقد مع الغير وفق ما يقتضيه سير العمل في المركز, وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس.
10-التوقيع على الاتفاقيات ومذكرات التفاهم والعقود بعد موافقة المجلس, ووفقاً للإجراءات النظامية المتبعة.
11.تقديم تقارير دورية إلى المجلس عن أعمال المركز.
12.أي اختصاص آخر يكلفه به المجلس.
وللمدير العام تفويض بعض اختصاصاته إلى غيره من منسوبي المركز.