المجلس هو السلطة العليا للهيئة، ويختص بالإشراف على شؤونها وإدارتها وتصريف أمورها، وله اتخاذ ما يلزم من قرارات وإجراءات لتحقيق أغراضها في حدود أحكام التنظيم، وله بصفة خاصة الصلاحيات والاختصاصات الآتية :
1 – الإشراف على تنفيذ الهيئة للمهمات المنوطة بها.
2 – وضع السياسات التي تسير عليها الهيئة لتحقيق أغراضها، واعتماد الخطط والبرامج اللازمة لذلك، والإشراف على تنفيذها.
3 – إصدار اللوائح الإدارية والمالية التي تسير عليها الهيئة- بالاتفاق مع وزارة المالية ووزارة الخدمة المدنية- وغيرها من اللوائح الداخلية.
4 – وضع الهيكل التنظيمي للهيئة ورفعه لاعتماده وفق الإجراءات النظامية المتبعة.
5 – إقرار المقابل المالي للرخص التي تصدرها الهيئة.
6 – إقرار المقابل المالي الذي تتقاضاه الهيئة عن الأعمال والخدمات التي تقدمها.
7 – الموافقة على فتح فروع ومكاتب للهيئة داخل المملكة.
8 – الموافقة على توظيف أموال الهيئة بما يحقق أغراضها، واستثمار العقارات واستئجارها وفقاً للأنظمة المتبعة.
9 – إقرار مشروع ميزانية الهيئة، وحسابها الختامي، وتقرير مراجع الحسابات، والتقرير السنوي، ورفع ما يلزم اعتماده بحسب الإجراءات النظامية المتبعة.
10 – قبول الهبات والإعانات والتبرعات والمنح والوصايا والأوقاف وفقاً للأنظمة المتبعة.
11 – الموافقة على إبرام الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود، وتفويض المحافظ بالتوقيع عليها بحسب الإجراءات المتبعة.
12 – النظر في التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل في الهيئة ومركزها المالي.
13 – إقرار قواعد منح المكافآت لمن يكلفه المجلس من غير منسوبي الهيئة بالقيام بأعمال أو تقديم خدمات معينة للهيئة.
14 – تعيين مراجع حسابات خارجي، ومراقب مالي داخلي.
وللمجلس تفويض رئيسه أو نائبه أو من يراه من أعضائه في بعض صلاحياته.
بموجب قرار مجلس الوزراء رقم (٦٧) وتاريخ ٢٣/ ٠١/ ١٤٤٣هـ تم تعديل الفقرة (٣) من المادة (الخامسة) لتكون بالنص الآتي: «إقرار اللوائح الإدارية والمالية وغيرها من اللوائح الداخلية التي تسير عليها الهيئة، على أن يكون إقرار اللوائح الإدارية بالاتفاق مع وزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية، واللوائح المالية والأحكام ذات الأثر المالي في اللوائح الإدارية بالاتفاق مع وزارة المالية».
كما تم بموجب ذات القرار تعديل الفقرة (٤) من المادة (الخامسة) لتكون بالنص الآتي: «إقرار الهيكل التنظيمي للهيئة».
-كما تم بموجب ذات القرارتعديل الفقرة (٥) من المادة (الخامسة) لتكون بالنص الآتي: «إقرار المقابل المالي للرخص التي تصدرها الهيئة، بالاتفاق مع وزارة المالية ومركز تنمية الإيرادات غير النفطية».
-كما تم بموجب ذات القرار تعديل الفقرة (٦) من المادة (الخامسة) لتكون بالنص الآتي: «دون إخلال بالأحكام النظامية ذات الصلة، يكون إقرار المقابل المالي الذي تتقاضاه الهيئة عن الأعمال والخدمات التي تقدمها، بالاتفاق مع وزارة المالية ومركز تنمية الإيرادات غير النفطية».
-كما تم بموجب ذات القرار إضافة فقرة تحمل الرقم (١٥) إلى المادة (الخامسة)، بالنص الآتي: «وضع برامج لتحفيز التسجيل العيني للعقار».
تم تعديل هذه المادة بموجب قرار مجلس الوزراء رقم (426) وتاريخ 05 /08/ 1443هـ، وذلك بإحلال عبارة (الرئيس التنفيذي) محل كلمة (المحافظ) الواردة في الفقرة (11) من المادة (الخامسة)، وفي الفقرة (8) من المادة (السادسة).