يهدف المركز -بما يتفق مع طبيعته- إلى الآتي:
1- مواجهة الفكر المتطرف، وتفنيده، والتصدي لأنشطته، ومنع الانتماء إليه أو التعاطف معه أو المساهمة في أنشطته بأي شكل من الأشكال، وذلك على ثلاثة محاور رئيسة:
أ- المحور الفكري، ويشمل الآتي:
1- استشراف مسببات الفكر المتطرف، ووقاية الفئات المستهدفة منه.
2- تفنيد الأفكار المتطرفة، ودحضها، وبيان خطورتها على المجتمعات والدول.
3- التعريف بالأطر التشريعية في محاربة الفكر المتطرف.
ب- المحور الإعلامي، ويشمل الآتي:
1- تقديم محتوى إعلامي متخصص يشجع على التعايش السلمي ونبذ الفكر المتطرف.
2- تحليل واقع الفكر المتطرف، وتحديد سمات وأساليب استقطاب الشباب لهذا الفكر.
3- تكثيف برامج الاعتدال الفكري باستخدام مختلف وسائل الاتصال الجماهيري.
ج- المحور التقني (الرقمي)، ويشمل الآتي:
1- الحد من عمليات الاستقطاب والتجنيد والتمويل التي تمارسها المنظمات المتطرفة من خلال الشبكة الإلكترونية.
2- تتبع الأساليب الرقمية التي يستخدمها المتطرفون، وكشف خطاب الكراهية الذي يروج له المتطرفون عبر الشبكة الإلكترونية والسعي إلى إزالته.
2- تعزيز ثقافة الوسطية والاعتدال والتعايش المشترك.
3- تعزيز التعاون الدولي في مكافحة الفكر المتطرف.